V únoru roku 2003 obdržel starosta obce od Parlamentu České republiky dopis následujícího znění, podepsaný předsedou Poslanecké sněmovny Lubomírem Zaorálkem:
V Praze 13. února 2003
Č. j.: 75/PRED/2003
Vážený pane starosto,
vážené členky a vážení členové obecního zastupitelstva,
vážené občanky,
vážení občané
Na základě Vašeho návrhu,
po projednání ve výboru pro vědu, vzdělání, kulturu, mládež a tělovýchovu, podvýboru pro heraldiku a vexilologii tohoto výboru Poslanecké sněmovny jsem rozhodl udělit Vaši obci
Z n a k
Popis:
V modrém štítě vyniká ze stříbrné vlnité paty zelené návrší se stříbrnou kvádrovanou věží s cimbuřím a černým oknem, o níž je zleva opřen zlatý žebřík.
P r a p o r
Popis:
List tvoří tři vodorovné pruhy , modrý, bílý a zelený, v poměru 2 : 1 : 1. V žerďové části modrého pruhu bílá věž s cimbuřím a černým oknem, o níž se opírá kosmo žlutý žebřík.
Poměr šířky k délce listu je 2 : 3.
Písemné vyhotovení rozhodnutí v příloze přikládám a pěkně Vás zdravím.
Lubomír Zaorálek
Znak i prapor se váží k historii Kostomlat. Věž představuje zaniklý vodní hrad Mydlovary, který byl vystavěn na patrně umělém pahorku v bažinatém území. Vlnitá pata štítu nadto upomíná na řeku Labe. Žebřík je převzat ze znaku nejstaršího doloženého majitele, Sezemy z Kostomlat, který se připomíná v letech 1223 – 1265. Prapor vychází ze znaku.